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截至2025年4月学校官网显示，重庆三峡职业学院共有7个教学单位，开设41个专业。
| 院系 | 专业 |
|---|---|
| 农林科技学院 | 食品营养与检测、园林工程技术、风景园林设计、园艺技术、食品加工技术、植物保护与检疫技术、园林技术 |
| 人工智能学院 | 室内艺术设计、电子商务技术、动漫设计与制作、云计算技术与应用（与中兴通讯ICT基地合作）、物联网应用技术（与中兴通讯ICT基地合作）、移动通信技术、大数据技术与应用[2] |
| 经济管理学院[1] | 旅游管理、酒店管理、市场营销、物流管理、会计、移动商务 |
| 动物科技学院 | 畜牧兽医、动物防疫与检疫、水产养殖技术、宠物养护与训导（宠物保健）、动物医学、动物药学[2] |
| 汽车工程学院 | 汽车技术服务与营销、汽车检测与维修技术、工程机械应用技术（路桥施工） 、农业装备应用技术、新能源汽车运用与维修、汽车制造与装配技术、汽车智能技术[2] |
| 智能制造学院 | 机械设计与制造、模具设计与制造、数控技术、机电一体化、电子信息工程技术、光伏发电技术与应用、工业机器人技术、智能控制技术 |
| 继续教育学院 | 成人本专科教育、各类技术和管理培训、国家职业技能鉴定165所、农业特种工种148站、高技能培训 |
