学校建有世界唯一的中医西学博物馆；2017年7月，国家汉办批准为“孔子学院总部国际（西学）中医文化推广研究基地”。建有的云南省中医药民族医药博物馆，是国家中医药文化宣传教育基地、云南省科普教育基地；学校是云南省中医药国际教育基地、国际科技合作基地、云南省民族医药保护与产业发展研究基地，是国家教育信息化试点单位；2017年《云南中医学院学报》入选中国科技核心期刊。2020年成为国家中医药临床研究基地。有省级重点实验室、工程技术研究中心、中医药临床评价研究中心，工程实验室、公共科技服务平台各1个，省级创新团队2个，有国家中医药管理局中医药科研三级实验室2个，院士专家工作站9个，院士工作站站点1个，省级2011协同创新中心2个，省级中医临床研究基地1个，省哲学社会科学研究基地1个，省技术转移示范机构1个，省高校重点实验室和工程中心8个，省高校科技创新团队5个；实践教学基地140个，其中，直属附属医院2所，非直属附属医院14所，药学类合作基地49个。
学校聚焦民族医药、滇南医药、南药研究三大科研集群，推进校政、校校、校地、校企合作，打造“保健品化妆品第三方检测、临床评价研究、健康产品研发、中医药知识产权战略运营中心”四大平台，弥补云南生物医药和大健康产业科研平台短板。与省药监局共建云南省中医药产业发展研究院、与省科技厅共同设立“中医药联合专项基金”，是云南省中医药政策研究中心，中国中医科学院中医药数据中心云南分中心、云南省中医药数据中心。与云南能源投资集团实施全面战略合作，与宜良县人民政府合作开发建设云南中医康养特色小镇，与云南呦阳生物科技公司共建“云南道地中药材种苗繁育基地”，与上海中医药大学和昭通、普洱、丽江等地方政府签订战略合作协议。
近5年来，承担各级各类科研项目1000余项，其中，国家级近100项，省部级300余项。获省部级以上科研奖30项。杰出校友、特聘教授、硕士生导师朱兆云领衔，学校赵毅、韦群辉两位教授参与的“低纬高原地区天然药物资源野外调查与研究开发”重大项目，系统摸清了低纬高原地区天然药物资源现状，获2012年度国家科学技术进步奖一等奖；彭江云领衔的“温阳通络法治疗类风湿关节炎的研究及临床应用”项目获2014年度云南省科技进步奖一等奖；叶建州领衔的“云南名老中医治疗皮肤病学术思想及应用示范”项目获2017年度云南省科技进步奖一等奖。
近年来，毕业生年终就业率均高于97.5%，学生在全国、全省各类学科竞赛、专业技能竞赛中获国家级奖项46项，省级奖项109项。2013年开始实施的“本科毕业生德育答辩制度”思想政治教育探索实践，获第三届云南省宣传思想文化工作创新奖。“读经典、学经典、用经典”活动已经成为书香云中、健康云中建设的品牌。
学校早在1990年就代表中国与西班牙合作办学，建立了“加泰罗尼亚-云南中医学院”，被载入全国中医药高等教育60年史册；从2007年发起并主办八届“大湄公河次区域传统医药交流会”，2015年在老挝开设“中医教育培训中心”，2016年成立“澜沧江—湄公河传统医药学院”，2016年举办首届澜沧江—湄公河传统医药学术交流暨首届国际佤医药发展交流会。2020年建立“中国-缅甸中医药中心”，2020年承办首届国际哈尼医药发展交流会。在中医西学研究方面独树一帜，已连续举办五届中医西学国际论坛，为“中华文化走出去”提供了有益的借鉴。先后与美国、澳大利亚、法国、德国、加拿大、瑞士、韩国、泰国、越南、印尼及港台等30多个国家或地区建立了交流合作关系。学校已成为面向南亚、东南亚区域最有影响力的国际传统医药教育交流合作平台。
欣逢盛世，中医药迎来了天时、地利、人和的大好发展时机，中医药上升为国家战略，生物医药和大健康产业成为云南省八大重点推进产业之首，国家批准设立中国昆明大健康产业示范区、建设国家植物博物馆。学校将谋势而动，乘势而为，主动融入“一带一路”、健康中国等国家战略，围绕云南三大战略定位，围绕云南打造“绿色能源”“绿色食品”“健康生活目的地”“三张牌，为云南经济社会发展服务，推进特色鲜明高水平中医药大学建设。
