昌平卫校始建于1973年。1986年经北京市政府批准、投资，单独建立校址，正式成为北京市中等专业学校之一，办学规模为640人。昌平卫校经过不断地发展扩大，现已成为集普通中专、成人大、中专教育和昌平区在职医务人员继续教育基地为一体的中等职业学校。根据北京市政府2005年制定的中大力发职业教育、建设社会主义新农村、把发展社区及农村医疗卫生工作作为今后发展的重点的指示精神，昌平卫校自2006年以来，彻底整顿校园秩序，提升现代化管理的能力，整治校园环境，完善基础设施建设，借以适应新时期的要求。
昌平卫校行政隶属于北京市昌平区卫生局，为全额拨款事业单位。占地面积40.14亩，建筑面积1.7万㎡。学校拥有五层教学办公楼1栋，五层学生宿舍楼两栋，三层教学宿舍综合楼1栋及附助设施。学校现有教学实验室14个，多媒体教室29个。2005年9月，为配合实践性教学，学校将原附属医院改为校内实训基地，建筑面积1500㎡。
自1985年以来，学校共为北京市各郊区县输送中专医技人员2485人，成人中专医技人员和成人大专医技人员2098人。开办各种短期培训班142期，近8900余人次的在职医务人员参加了继续教育。每年为全国成人高等教育自学考试提供考场各26个，年均参考人员达4680人次。
1995年，在北京市高教局的办学条件评估中被评为合格学校；1997年，学校教务工作顺利通过了北京市教委的评估；1998年在北京市中专卫护校调整中，被北京市教委确定为保留下来的五所卫护校之一；2001年底顺利地通过了北京市政府教育督导室的综合督导评估；2002年底，校园网建设在北京市教委评估中确定为合格学校。2003年9月，再次顺利地通过了北京市教委的办学条件评估。2003年7月，荣获“北京市昌平区防控‘非典’工作先进单位”。2006年3月，昌平卫校被北京市教委评为“北京市职业教育先进单位”。
