石河子大学医学院最早创办于1949年，前身是中国人民解放军第一兵团卫生学校，学校旧址在甘肃天水，在1949年10月份跟随军队进疆，先后经历了新疆军区卫校、兵团医学专科学校、兵团医学院、石河子医学院等几个发展阶段，最终升格为石河子大学医学院。办学68年来为国家培养各级各类医药卫生技术人才，为地方和国家医药卫生事业的发展和社会进步作出了贡献。
学院师资力量雄厚，既有在学术上功底深厚、有较高知名度的学者、专家，也有在专业上颇有建树的青年学者。学院现有教授56人，副教授120人，讲师188人；博士52人，在读博士74人，硕士133人；硕士生导师316人，兼职博士生导师12人。国家级突出贡献中青年专家2人，享受国务院特殊津贴专家5人，自治区优秀专家1人。拥有附属医院4所（直属医院1所，非直属医院3所），教学、实习医院30所，其中三甲医院10所。学院第一附属医院为全国“百佳”医院。
石河子大学医学院设有基础医学系、护理系、预防医学系和临床医学系、口腔医学系、医学影像学系、医学检验系、麻醉学系等8个系，开设临床医学、护理学、预防医学、口腔医学、医学影像学、医学检验等6个本科专业，其中临床医学为大学特色专业，并在临床医学专业基础上开设诊断病理学、麻醉学等本科专业方向，设有临床医学、护理学、医学影像学、临床检验学、口腔、卫生事业管理6个专科专业。自1998年以来，病理学与病理生理学、生物化学与分子生物学、人体解剖学与组织胚胎学、生理学、免疫学、护理学、流行病学与卫生统计学、社会医学与卫生事业管理、外科学、内科学、肿瘤学、妇产科学、眼科学、麻醉学等14个硕士学位授予点陆续面向全国招收硕士研究生。学院现有2门自治区级精品课程，3门兵团级精品课程，3个兵团级重点学科，14门大学一类课程， 7个校级重点学科，2个自治区质控中心，1个教育部重点实验室-新疆地方与民族高发病重点实验室。
石河子大学医学院广泛开展对外交流与合作。2007年省部共建教育部重点实验室-新疆地方与民族高发病实验室通过专家评估，成为教育部重点实验室，并与复旦大学遗传工程国家重点实验室、美国阿拉巴马州大学分子医学实验室等建立了长期协作关系，力争成为兵团和自治区的医学研究与科研开发中心。2001年6月，国家教育部指定北京大学对口支援石河子大学。作为石河子大学的重点发展学院，我院也与北京大学医学部（原北京医科大学）建立了全面协作关系。截至2012年，学院与美国阿拉巴马大学医学院、北京大学医学部、华中科技大学同济医学院、上海第二医科大学、复旦大学上海医学院、武汉大学医学院等国内外医科院校建立了校际交流合作关系。
