遵义医药高等专科学校全力构建与示范性高职院校相适应的结构合理、优势互补的专业体系，有临床医学、护理、药学、中医、医学技术、卫生管理等六大专业群共16个专业。其中，护理、医学影像技术专业为国家财政部重点支持建设的骨干专业，康复技术、针灸推拿两个专业为中央财政支持重点建设项目，中医专业获得贵州省开放性实训基地建设项目。刺法灸法技术课程获得省级精品课程。
学校建立了多个专业基础实验室和校内专业实训室，一个国家级生药Ⅱ级实验室、一个省级动物实验中心、一个市校共建临床病理诊断中心、一个法医司法鉴定中心、贵州省第五职业技能鉴定站、遵义市遗体捐献中心。学校现有遵义市第一人民医院、遵义市第五人民医院两所直属附属医院，拥有120余家覆盖所有专业的实习、见习医院和基地。学生在“教、学、做”一体化的实验实训中夯实专业技能，做到学校里有病房，医院、药企有课堂，实训教学实现了从学校到院企，从模拟仿真岗位到职业岗位的无缝对接。
遵义医药高等专科学校将根据“健康贵州”的战略规划，抓住我省“大健康、大医药”的发展机遇，围绕国家完善基本医疗卫生公共服务体系的基本要求，围绕健康医药、健康药食材、健康医疗、健康养生、健康养老和养老托护、现代中药、民族药等特色产业的人才需求，继续优化学科设置，突出专业优势，以平台建设为重点，走产学研融合道路，突出产业发展需求导向，不断提升学校内涵发展，努力培养高素质应用型、技术技能型实用性医药卫生人才，为地方经济社会发展服务。
开设专业：
| 院系名称 | 专业名称 |
| 护理系 | 助产、护理 |
| 中医系 | 中医学、针灸推拿 |
| 医学技术系 | 医学影像技术、医学检测技术 |
| 临床医学系 | 临床医学 |
| 药学系 | 医药营销、药学、中药学 |
| 卫生管理系 | 公共管理、医学营养 |
| 基础教学部 |
